La Parrocchia di Medjugorje, intitolata a San Giacomo protettore dei pellegrini, fu eretta nel 1892 dal vescovo di Mostar, Paškal e completata nel 1934. Fu affidata pastoralmente ai frati francescani della provincia dell’Erzegovina. La Parrocchia appartiene alla diocesi di Mostar e comprende, oltre a Medjugorje (che essendo più grande ha dato il proprio nome a tutta la parrocchia), anche i le frazioni di Bijakovici, Miletina, Vionica e Surmanci. Solo cinque anni dopo venne completata la vecchia chiesa Parrocchiale, che per l’epoca era abbastanza grande e bella. La costruzione essendo stata costruita su un terreno instabile, iniziò immediatamente a deteriorarsi con rischio di crollo e, dopo la prima Guerra mondiale, si iniziò a pensare alla costruzione di una nuova Chiesa che venne ultimata e benedetta il 19 Gennaio 1969.
I costruttori senza neppure sapere il perché, ma spinti da un impulso interiore, la costruirono molto grande rispetto al numero dei parrocchiani di allora. Quando si sono verificate le apparizioni in molti hanno avuto la giusta risposta. Dopo le apparizioni, la Chiesa è stata gradualmente sistemata, così come lo spazio che la circonda. I resti della vecchia Chiesa sono conservati nel parco a sinistra del Santuario.
Nuove necessità contingenti con l’arrivo dei molti pellegrini spiegano le continue ristrutturazioni della chiesa e dei suoi annessi.
Nel piazzale si erge dal 1987 una statua bianca della Regina della Pace, realizzata dall’artista italiano Dino Felici in marmo di Carrara, diventata uno dei simboli del santuario.
La cappella dell’Adorazione, costruita nel 1991e situata nella parte sinistra guardando la chiesa, è il luogo dove i pellegrini possono dedicarsi alla preghiera personale e all’Adorazione al Santissimo. La cappella è aperta tutto il giorno e il 25 di ogni mese, la sua apertura di notte permette l’Adorazione notturna. La cappella anche se è nata allo scopo di offrire un luogo dove fare l’Adorazione, viene anche utilizzata per la celebrazione delle S. Messe per i diversi gruppi linguistici. Di fatto solo nel pomeriggio, la cappella è disponibile per la adorazione personale.
Grazie alle apparizioni della Vergine, Medjugorje è diventato un luogo di riconciliazione, che i pellegrini possono sperimentare nel sacramento della confessione. È il motivo per cui, vicino alla chiesa, sono stati realizzati 25 confessionali (costruiti nel 1990 e restaurati nel 2001,
altri confessionali sono stati realizzati nel 2013), dove i fedeli, ogni giorno, hanno l’occasione d’incontrarsi con il perdono di Dio.
Medjugorje è diventata famosa in tutto il mondo proprio per il sacramento della confessione, viene spesso definita come Confessionale del mondo. Sacerdoti provenienti da ogni parte del mondo sono ben disposti ad ascoltare confessioni per ore. L’atmosfera di Medjugorje aiuta molti pellegrini a vivere la propria conversione nell’incontro con i sacramenti e a dare una vera svolta alla propria vita di fede.
Vicino ai confessionali è stata posta nel 1998 una statua in bronzo di San Leopoldo Mandic, santo protettore dei confessori, canonizzato il 16 ottobre 1983, opera dell’artista italiano Carmelo Puzzolo.
Dal lato opposto è stato creato attorno ad una grande crocifisso in legno uno spazio per la preghiera silenziosa, dove i pellegrini possono anche accendere candele.
Uno spazio coperto, per il ristoro dei pellegrini, è stato approntato nell’anno 2000. Dietro quest’ultimo vi sono i servizi igienici. L’altare esterno, con oltre 5.000 posti a sedere, fu costruito nel 1989, viene utilizzato principalmente nel periodo estivo per le celebrazioni liturgiche serali e per i grandi raduni come l’annuale Festival dei giovani.
Dietro la chiesa, nell’anno 1998 è stata costruita una grande sala con 800 posti a sedere, intitolata a Giovanni Paolo II. Prima era chiamata sala gialla ed è principalmente utilizzata per gli incontri di preghiera, le testimonianza di veggenti e dei frati, le celebrazioni e i convegni; all’interno è collocato un quadro raffigurante l’immagine della Madonna, Gospa, realizzato da Carmelo Puzzolo. Nel Santuario, durante la mattinata, si celebrano le sante messe per i vari gruppi linguistici dei pellegrini.
La preghiera serale quotidiana ha inizio alle ore 17, 00 (18,00 dal 1° maggio) con i Misteri gioiosi e dolorosi del Rosario, vissuto come momento di preparazione alla Santa Messa, la recita del Rosario prima della Messa fu richiesto esplicitamente dalla Madonna stessa.
Il momento intenso di preghiera è anche quello prima dell’apparizione delle 17,40: la Madonna viene, prega e benedice tutti e con la sua presenza prepara anche i fedeli alla celebrazione eucaristica.
Alle ore 18,00 (19,00 d’estate) comincia la santa Messa internazionale (solo il vangelo si legge nelle rispettive lingue dei pellegrini presenti,tutto il resto è in lingua croata); alla fine della celebrazione Eucaristica si prega in ginocchio il Credo e 7 Pater, Ave e Gloria, secondo la richiesta della Vergine ai veggenti di non andar via subito dopo la Messa, ma di rimanere ancora un po’ a ringraziare Gesù.
Subito dopo vi è la benedizione degli oggetti, la preghiera per la guarigione dell’anima e del corpo e i Misteri gloriosi del Rosario fino alle ore 20 (21 d’estate).
Il giovedì dopo la benedizione degli oggetti c’è un’ora di adorazione eucaristica; il venerdì l’adorazione della croce.
L’adorazione eucaristica, oltre che dopo la messa del giovedì, si svolge ogni mercoledì e sabato dalle 21 (22 d’estate) alle 22 (23 d’estate).
I frati del santuario guidano il Rosario comunitario sulla Collina delle Apparizioni ogni domenica alle ore 14 (15 d’estate) mentre il venerdì alla stessa ora si celebra la Via crucis sul monte Krizevac.